企鹅身上的毛看起来像是皮毛，但实际上和普通鸟类一样，发育完全的企鹅是长满羽毛的。与普通鸟类不同的是，企鹅的羽毛的生长方式比较奇特。
大多数鸟类的羽毛是长在长条形的羽胚上的，但是企鹅的羽毛却均匀分布在它小小的身体上，看起来就像披了一层皮毛一样。在小企鹅的成长过程中，它最先长出来的是非常细软的羽绒，当羽绒慢慢褪去后，羽毛便长出来了。
企鹅的种类很多，但不管是哪一种企鹅，它们身上的羽毛都是相似的，通常来说，企鹅背部的羽毛是黑色或深蓝色的，而肚皮和前胸则长满了白色的羽毛。这种独特的羽毛分布方式使得企鹅看起来像一个穿着燕尾服的绅士。科学们发现，企鹅的这种独特的外表其实是为了自我保护，这能使他们不易被水中的捕食者（比如海豹）发现。当企鹅入水后，它们通常是肚皮朝下，背朝上。所以，在水中的海豹从下往上看时，很难将企鹅的白肚皮和刺眼的阳光区分开来。而从上往下看，他们的黑后背也难以被海豹察觉。从这方面来看，在我们印象中笨拙的企鹅其实还是很聪明的。
除了身上长满羽毛外，企鹅的头顶也长有羽毛。比如，跳岩企鹅的头顶上长着松软而长直的羽毛，看起来非常的乖巧可爱。
企鹅在世界上算得上是一种古老的动物了，据说，早在5500万年前，企鹅就已经存在了，最早的企鹅是会飞的，经过长时间的进化和演变，才变成了我们今天看到的这个样子。企鹅体内至今还保留着龙骨，也就是它们用来固定强壮的飞行肌的胸骨。虽然企鹅现在无法在空中飞翔了，但它们依然有飞的能力——能在水里飞。它们身上的羽毛就是非常利于它们在水中“飞翔”的武器。
普通的鸟类翅膀很宽，羽毛很轻，这使得它们能在空中轻快地飞翔，而企鹅要在水中游，所以它们的翅膀必须短而硬，就像船桨一样，使它们能够划开海水，向前滑行。
由于企鹅长时间生存在寒冷的水中，所以它们必须设法为自己的身体保温。在企鹅羽毛的根部，有我们看不到的柔软的绒毛，这些绒毛能够阻挡它们身体的热量散失，使它们保持恒定的体温。企鹅的羽毛末端质地较硬，而且防水，这使它们看起来就像穿了一身高贵的干湿褛。企鹅羽毛下面的脂肪层是比较厚的，这也是它们比较抗冻的原因。
普通的鸟类每年都会换一次羽毛，企鹅也是如此，只是它们在换羽毛时会一次性褪下所有的旧羽毛换上新羽毛。企鹅换一次羽毛大约要三周时间，在这段时间里，它们只能呆呆地站在陆地或冰盖上，等待新的羽毛长出来。而且，期间它们不能下水去觅食。因为没有食物，换完羽毛后，可怜的它们会瘦下去半圈。
